Trong công trình kiến trúc của lăng, được xây dựng sớm nhất là phần mộ [4].

Năm 1835 sau sự biến thành Phiên An, Lê Văn Duyệt bị lên án và buộc tội đã gián tiếp gây nên biến loạn, vua Minh Mạng đã ra chỉ dụ san bằng mộ, trên dựng bia đá có khắc tám chữ Quyền yêm Lê Văn duyệt phục pháp xử (chỗ tên hoạn quan Lê Văn Duyệt chịu tội), theo Đại nam thực lục chính biên quốc sử quán triều Nguyễn.

Đến năm Tân Sửu (1841), vua Thiệu Trị lên ngôi cho dẹp bỏ trụ đá hài tội và đắp lại mộ. Năm đầu đời Tự Đức (1848), Đông Các đại học sĩ Võ Xuân Cẩn dâng sớ xin phục hồi quan tước, gia ơn cho con cháu các công thần, trong đó có Lê Văn Duyệt[5]. Nhà vua xem sớ cảm động, truy phong cho cả ba ông và ban phẩm hàm cho con cháu họ. Lại cho đắp phần mộ Lê Văn Duyệt ở Gia Định cao rộng thêm và cho sửa sang miếu thờ [6]. Theo nhà văn Sơn Nam, thì sau đó dân làng Long Hưng đem trình quan sở tại một người cháu nội của Lê Văn Phong (Phong là em ruột Tả quân) tên Lê Văn Thi, bấy lâu sợ tội với triều đình nên mãi trốn tránh. Sau đó, ông Thi được phép đến Bà Chiểu, lo việc chăm sóc Lăng Ông. Ngày nay ở trong miếu vẫn còn thờ ông Thi làm Tiền hiền [7].

Và từ khi Hội Thượng Công Quý Tế được thành lập vào năm 1914[8], việc cúng tế được tổ chức đều đặn hàng năm và việc trùng tu cũng được tiến hành nhiều lần. Ngày 6 tháng 12 năm 1989, toàn bộ khu lăng được Bộ Văn hóa công nhận là di tích Lịch sử Văn hóa cấp quốc gia.